Το πρόγραμμα αυτό απευθύνονταν σε Μη- Κυβερνητικές Οργανώσεις που επιθυμούσαν να συμμετάσχουν ενεργά στις εκδηλώσεις και δραστηριότητες του Μαραθωνίου της Αθήνας, δίνοντάς τους τη δυνατότητα να χρησιμοποιήσουν τον ίδιο τον αγώνα τόσο ως μέσο για την ευαισθητοποίηση του ευρύτερου κοινού αναφορικά με τους σκοπούς και το έργο τους, όσο και μία πλατφόρμα συγκέντρωσης χρημάτων και πόρων για την υλοποίηση των στόχων τους.
Από την πρώτη στιγμή οι ΜΚΟ «αγκάλιασαν» την πρόσκληση του ΣΕΓΑΣ και επέλεξαν να ταυτιστούν με τον ΑΜΑ, αναγνωρίζοντας την σπουδαιότητα του γεγονότος, την απήχηση που έχει στην Ελληνική κοινωνία, αλλά και το υψηλό επίπεδο της διοργάνωσης. Έτσι, χρόνο με το χρόνο οι «δεσμοί» των δύο πλευρών μεγάλωναν, οι Μη-Κυβερνητικές Οργανώσεις αυξάνονταν και κάποιες μάλιστα, είχαν αποκτήσει και τον τίτλο της Συνεργαζόμενης ΜΚΟ του Αυθεντικού Μαραθωνίου της Αθήνας.
Εκτός από το σημαντικό έργο που συντελούν οι ΜΚΟ έχουν δημιουργήσει πια και τις δικές τους μεγάλες ομάδες που τρέχουν στους αγώνες του Μαραθωνίου της Αθήνας και με αυτό τον τρόπο, αλλά και άλλες δράσεις τους περνούν το δικό τους μήνυμα στην Ελληνική κοινωνία.
Φέτος στον 37ο ΑΜΑ που θα διεξαχθεί την Κυριακή 10 Νοεμβρίου θα μετάσχουν 22 ΜΚΟ που δραστηριοποιούνται στην Ελλάδα με ευρεία αναγνώριση και έχοντας η καθεμιά ξεχωριστά δημιουργήσει σπουδαίο έργο.
Αυτές είναι: Action Aid, Γιατροί Χωρίς Σύνορα, Δεσμός, Διεθνής Αμνηστεία, ΕΕΠΑΑ, ΕΛΕΠΑΠ, Εταιρεία Προστασίας Σπαστικών/Open Door, Greenpeace, Ithaca, Make A Wish, MDA Hellas, Όραμα Ελπίδας, Παιδικά Χωριά SOS, ΠΝΟΗ, Σχεδία, Φλόγα, Χαμόγελο Του Παιδιού, Team For A World, Γιατροί Του Κόσμου, WWF και Aurora.